Questa è la query che devi utilizzare:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Devi specificare la clausola "where" per trovare il documento da aggiornare. Ti manca anche l'operatore posizionale $, devi usarlo perché le query possono avere più risultati.
