Collaboratore di PouchDB qui. :) Questa è in realtà una domanda che riceviamo spesso ed è comprensibile, data la popolarità di MongoDB.
La risposta breve è:no, non c'è modo di ottenere un PouchDB che puoi semplicemente collegare al tuo database MongoDB esistente. Potresti provare invece Meteor.js.
La risposta lunga è che CouchDB e MongoDB non sono equivalenti, e in particolare CouchDB è progettato dal basso per essere utilizzato per la sincronizzazione. C'è un buon articolo di Jan Lenhardt che spiega come funziona. Parte della magia della sincronizzazione PouchDB/CouchDB deriva da questo design, che Mongo non ha.
In effetti, anche se PouchDB utilizzasse Mongo come backend (che non è al di fuori del regno delle possibilità; supportiamo già Redis e Riak), non saresti in grado di utilizzare il tuo database esistente così com'è, poiché PouchDB dovrebbe ricostruire questo schema di gestione delle revisioni su Mongo. Quindi dovresti riscrivere la tua app per utilizzare l'API PouchDB/CouchDB.
Aggiornamento: PouchDB supporterà presto un linguaggio di query simile a Mongo, tramite il plug-in pouchdb-find.