Il parametro nel tuo Javascript è un array di 4 oggetti con un elemento ciascuno, nel tuo PHP è un array associativo (oggetto) con 4 elementi. Questo rappresenterebbe il tuo Javascript:
$result = $c->aggregate(array(
array(
'$project' => array(
'day' => array('$dayOfYear' => '$executed')
),
),
array(
'$group' => array(
'_id' => array('day' => '$day'),
'n' => array('$sum' => 1)
),
),
array(
'$sort' => array(
'_id' => 1
),
),
array(
'$limit' => 14
)
));
Inoltre, se hai almeno PHP5.4, puoi usare una sintassi di array più semplice. La trasformazione in PHP è quindi banale, sostituisci semplicemente le parentesi graffe con parentesi quadre e due punti con le frecce:
$result = $c->aggregate([
[ '$project' => [ 'day' => ['$dayOfYear' => '$executed'] ] ],
[ '$group' => ['_id' => ['day' => '$day'], 'n' => ['$sum' => 1] ] ],
[ '$sort' => ['_id' => 1] ],
[ '$limit' => 14 ]
]);