Devi chiamare mongoose.disconnect() per chiudere la connessione, ma devi anche attendere fino a quando tutti i save le chiamate hanno completato il loro lavoro asincrono (ovvero chiamato la loro richiamata) prima di farlo.
Quindi tieni un semplice conteggio di quanti sono ancora in sospeso per tenerne traccia o usa un framework di controllo del flusso come async per fare qualcosa di un po' più elegante.
