Per rimuovere queste proprietà dal tuo documento esistente, impostale su undefined
invece di null
prima di salvare il documento:
user.first_name = undefined;
user.signup_date = undefined;
user.save();
Confermato che funziona ancora in Mongoose 5.9.7. Tieni presente che il campo che stai tentando di rimuovere deve essere ancora definito nel tuo schema affinché funzioni.