Sostituzione del documento incorporato nell'array in MongoDB

Stai usando il modello "array di oggetti". Puoi usare l'operatore posizionale, dovrebbe assomigliare a questo:

coll.update( {'_id':'2', 'users._id':'2'}, {$set:{'users.$':{ "_id":2,"name":"name6",... }}}, false, true)

Nella mia esperienza, il modello "array di oggetti" non è ottimale se gli oggetti hanno un ID naturale. Nel tuo caso, questo potrebbe essere modellato come segue:

{
  "_id" : "2",
  "users" : 
    { "1" : { "name" : "name1", "xyz..." : "xyz1..." }, 
      "2" : { "name" : "name2", "xyz..." : "xyz2..." }
    }
  "name" : "main name"
}

In questo caso puoi utilizzare la notazione del punto per aggiornare facilmente l'elemento che desideri.

var newValue = {  "name" : "name6", "xyz..." : "xyz5...", "morefields..." : "fields..." };
coll.update({_id: 2}, { $set: { "users.2" : newValue } });