Ecco un modo semplice per usare l'operatore $in.
User.find()
.where('fb.id')
.in([3225, 623423, 6645345])
.exec(function (err, records) {
//make magic happen
});
Trovo che la notazione del punto sia abbastanza utile per eseguire query in documenti secondari.
http://mongoosejs.com/docs/queries.html