Hmm senza molti test da parte mia dirò che puoi usare $cmp
per questo:
http://docs.mongodb.org/manual/reference/aggregation/cmp/#_S_cmp
db.test.aggregate([
{$project: {
// All your other fields here
cmp_value: {$cmp: ['$a', '$b']}
}},
{$match: {cmp_value: {$gt: 0}}}
])
Potrebbe esserci un modo migliore, ma non ho un'installazione MongoDB vicino a me da testare.