Come posso verificare se viene utilizzato un indice

La soluzione più semplice è utilizzare la fase di aggregazione $indexStats incorporata in mongodb, aggiunta in MongoDB 3.2.

Utilizzando la console Mongo:

db.collection.aggregate([ { $indexStats: { } } ])

Utilizzo di PyMongo:

from pymongo import MongoClient
collection = MongoClient()[db_name][collection_name]
index_stats = collection.aggregate([{'$indexStats':{}}])

for index_info in index_stats:
    print index_info