Non esiste un metodo per eliminare una raccolta da mangusta, il meglio che puoi fare è rimuovere il contenuto di una :
Model.remove({}, function(err) {
console.log('collection removed')
});
Ma c'è un modo per accedere al driver javascript nativo mongodb, che può essere utilizzato per questo
mongoose.connection.collections['collectionName'].drop( function(err) {
console.log('collection dropped');
});
Avviso
Fai un backup prima di provare questo nel caso qualcosa vada storto!