MongoDB
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Mongoose e database multipli in un singolo progetto node.js

Secondo il bel manuale, createConnection() può essere utilizzato per connettersi a più database.

Tuttavia, è necessario creare modelli separati per ogni connessione/database:

var conn      = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testA');
var conn2     = mongoose.createConnection('mongodb://localhost/testB');

// stored in 'testA' database
var ModelA    = conn.model('Model', new mongoose.Schema({
  title : { type : String, default : 'model in testA database' }
}));

// stored in 'testB' database
var ModelB    = conn2.model('Model', new mongoose.Schema({
  title : { type : String, default : 'model in testB database' }
}));

Sono abbastanza sicuro che puoi condividere lo schema tra di loro, ma devi controllare per esserne sicuro.