Sei così vicino! Ricorda che il tuo "contenuto" più esterno è un array stesso. Quindi la seguente modifica di 2 caratteri funziona, usa content.$.assets all'interno del valore di $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
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