Query nidificata Mongoose su Modello per campo del modello di riferimento

Non puoi farlo in una singola query perché MongoDB non supporta i join. Invece, devi suddividerlo in un paio di passaggi:

// Get the _ids of people with the last name of Robertson.
Person.find({lastname: 'Robertson'}, {_id: 1}, function(err, docs) {

    // Map the docs into an array of just the _ids
    var ids = docs.map(function(doc) { return doc._id; });

    // Get the companies whose founders are in that set.
    Company.find({founder: {$in: ids}}, function(err, docs) {
        // docs contains your answer
    });
});