Nelle prime versioni, avresti dovuto selezionare il driver node-mongodb-native. Ogni modello ha un oggetto raccolta che contiene tutti i metodi offerti da node-mongodb-native. Quindi puoi eseguire l'azione in questione in questo modo:
User.collection.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }});
Dalla versione 2.0 puoi fare:
User.update({_id: user._id}, {$unset: {field: 1 }}, callback);
E dalla versione 2.4, se hai già un'istanza di un modello puoi fare:
doc.field = undefined;
doc.save(callback);