Puoi usare un $dove. Tieni solo presente che sarà abbastanza lento (deve eseguire codice Javascript su ogni record), quindi combinalo con le query indicizzate se puoi.
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
o più compatto:
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );
UPD per mongodb v.3.6+
puoi usare $expr come descritto nella risposta recente
