sostituisci corrisponde solo all'inizio della stringa

È un problema di confronto.
A prima vista, ho dovuto riprodurre, perché era incredibile, ma la tua query ha avuto lo stesso problema per me.

Se provi con un confronto corretto funziona:

select replace(N'AȘ' COLLATE Latin1_General_BIN, N'Ș', N'-')