Come modificare la mia funzione php esistente e aggiungere un altro controllo?

Usa un LEFT JOIN con il PREMIUM tabella nella tua query che controlla il tempo di trasferimento. Quindi usa una corrispondenza in quella tabella per condizionare il tempo con cui ti confronti.

$num_rows = $db->doQuery('
    SELECT Class, Race, Strong, Sta, Dex, Intel, Cha, Points, TransferTime
    FROM USERDATA u
    LEFT JOIN PREMIUM p ON p.strAccountID = u.strUserId
    WHERE strUserId = ?
      AND (TransferTime < IF(p.strAccountId IS NULL,
                             DATEADD(DAY,-2,GETDATE()),
                             DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 12 HOUR)))
           OR TransferTime IS NULL)
      AND zone<>199 and authority<>255', $character);