Potrebbe essere lento perché un'eliminazione di grandi dimensioni genera un registro delle transazioni di grandi dimensioni. Prova a eliminarlo in blocchi, come:
WHILE 1 = 1
BEGIN
DELETE TOP (256) FROM FTPLog WHERE FTPLogId <= @MaxFTPLogId
IF @@ROWCOUNT = 0
BREAK
END
Questo genera transazioni più piccole. E riduce i problemi di blocco creando spazio per altri processi.
Potresti anche esaminare le tabelle partizionate . Questi potenzialmente ti consentono di eliminare le vecchie voci eliminando un'intera partizione.