Come ottenere il livello di gerarchia di questa query

Devi aggiungere una colonna chiamata Level (o come vuoi chiamarlo) - sia per l'"ancora" SELECT che per la parte ricorsiva del tuo CTE - in questo modo:

WITH CategoryRec AS 
(
    SELECT Id, Parentid, Name, 1 AS 'Level'
    FROM dbo.Category

    UNION ALL

    SELECT cr.Id, c.Parentid, cr.Name, cr.Level + 1 
    FROM CategoryRec AS cr 
    INNER JOIN dbo.Category AS c ON cr.Parentid = c.Id
    WHERE c.Parentid IS NOT NULL
)
SELECT DISTINCT Id, Parentid, Name, Level
FROM  CategoryRec