La risposta varierà a seconda della lingua in cui è scritta l'applicazione, ma per usare C# come esempio. Un modo comune consiste nel popolare un set di dati dalla query sql e quindi masterizzare il set di dati utilizzando i loop per generare il csv.
Ecco un esempio di tale approccio dall'interweb.
http://www.diaryofaninja.com /blog/2009/12/16/c-convert-dataset-to-csv
Ecco un altro esempio che utilizza VB
http://www.vbnettutorial.net/?Id=119&Desc =Esporta-CSV-da-set di dati
La complessità dei dati potrebbe richiedere una fantasia... (ad esempio i tuoi dati hanno virgolette doppie, coma, dati binari???