Ti consiglierei di imparare il DOP.
Laddove MySQL(i) è solo per MySQL e SQLSRV API è solo per MsSQL, PDO è per circa 20 diversi motori di database. Inoltre, è orientato agli oggetti e supporta parametri denominati nelle istruzioni preparate.
Leggi questo fantastico articolo ( si tratta di PDO vs MySQLi, ma gli argomenti sono validi)