Se più applicazioni stanno solo cercando di confrontare i dati, credo che questi non stiano scrivendo sulla tabella, anche i record di memorizzazione nella cache dovrebbero aiutare. Inoltre esiste una tecnica chiamata sharding che sfortunatamente SQL Server non la fornisce. Ma esiste una libreria su codeplex che fornisce tale funzionalità per SQL Server. Fondamentalmente cerca di bilanciare il carico sui database.
Non l'ho testato ma dovrebbe valere la pena provare. Se vuoi puoi vederlo qui http://enzosqlshard.codeplex.com/
