MERGE è generalmente più veloce perché ci sono meno operazioni DML ed è anche l'approccio consigliato dalla documentazione. Con il modo "tradizionale", elabori le tabelle due volte:una per verificarne l'esistenza e una per eseguire il tuo DML. Con MERGE, tutto è incapsulato con un'operazione, quindi un set di blocchi emessi, un set di registrazione, ecc. Ecc.
Tuttavia, è piuttosto soggettivo su ciò che le tue domande stanno effettivamente facendo. Probabilmente dovresti dare un'occhiata a Ottimizzazione delle prestazioni della dichiarazione MERGE su MSDN.