Sono sulla stessa barca e grazie al tuo inizio l'ho fatto funzionare (inserimento e lettura dei dati spaziali). Per chiunque altro sia interessato, in primo luogo la classe GisSharpBlog.NetTopologySuite.Geometries.Point è in NetTopologySuite.dll che fa parte del download nHibernate.Spatial.
In secondo luogo, come per il punto James, assicurati di impostare lo SRID su 4326.
Infine, la mappa deve essere simile a questa:
Map(a => a.Location).CustomType(typeof(NHibernate.Spatial.Type.GeometryType));
Sto usando Geography, ma ho letto da qualche parte che l'utilizzo di GeometryType potrebbe funzionare e per me funziona (ho inserito alcuni punti e l'ho verificato nel database). Ho anche letto che è meglio scrivere query SQL per geografia in modo da poter utilizzare i metodi speciali SQL 2008 Spatial (invece di utilizzare Criteri).