Potresti provare a usare ISNUMERIC
per determinare quelle righe che sono effettivamente numeriche:
UPDATE dbo.YourTable
SET BigIntColumn = CAST(NVarcharColumn AS BIGINT)
WHERE ISNUMERIC(NVarcharColumn) = 1
Ciò convertirebbe quelle righe che possono essere convertite:le altre devono essere gestite manualmente.