Se le righe sono veramente distinte in ogni colonna, puoi usare SELECT DISTINCT .
Dato che stai usando SQL Server puoi anche usare row_number() per restituire una riga per ogni ThreatId :
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...
from
(
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...,
row_number() over(partition by ThreatId order by ThreatMLSeq) rn
from xThreatCA
where ThreatMLSeq <> N''
and ID <> 0
) d
where rn = 1
order by ThreatMLSeq