Per prima cosa devi creare una migrazione.
Add-Migration RunSqlScript
Quindi nel file di migrazione generato puoi scrivere il tuo SQL.
// PLAIN SQL
Sql("UPDATE dbo.Table SET Created = GETDATE()");
// FROM FILE
var sqlFile = Path.Combine(AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory, @"Custom.sql");
Sql(File.ReadAllText(sqlFile));
Quindi corri
Update-Database