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I trigger SQL CLR possono farlo? O c'è un modo migliore?

Probabilmente dovresti disaccoppiare la postelaborazione dall'inserimento:

Nel trigger Inserisci, aggiungi la PK del record in una tabella della coda.

In un servizio separato, leggi dalla tabella delle code ed esegui la tua operazione complessa. Al termine, contrassegna il record come elaborato (insieme alle informazioni sullo stato/errore) oppure elimina il record dalla coda.