TSQL - Come usare GO all'interno di un blocco BEGIN ..END?

Ho avuto lo stesso problema e alla fine sono riuscito a risolverlo utilizzando SET NOEXEC .

IF not whatever
BEGIN
    SET NOEXEC ON; 
END

ALTER TABLE dbo.EMPLOYEE ADD COLUMN EMP_IS_ADMIN BIT NOT NULL
GO
UPDATE dbo.EMPLOYEE SET EMP_IS_ADMIN = whatever

SET NOEXEC OFF;