Utilizzando SQL Server 2008, è possibile creare un indice filtrato:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc280372.aspx. (Vedo che Simon l'ha aggiunto come commento, ma ho pensato che meritasse la sua risposta poiché il commento è facilmente sfuggito.)
Un'altra opzione è un trigger per verificare l'unicità, ma ciò potrebbe influire sulle prestazioni.