Cambia il numero 6 in base alla tua lunghezza totale:
SELECT REPLICATE('0',6-LEN(EmployeeId)) + EmployeeId
Se la colonna è un INT, puoi utilizzare RTRIM per convertirlo implicitamente in un VARCHAR
SELECT REPLICATE('0',6-LEN(RTRIM(EmployeeId))) + RTRIM(EmployeeId)
E il codice per rimuovere questi 0 e recuperare il numero "reale":
SELECT RIGHT(EmployeeId,(LEN(EmployeeId) - PATINDEX('%[^0]%',EmployeeId)) + 1)