Ho avuto un'idea da SQLAlchemy func.count su colonna booleana
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Se il tuo SQLAlchemy è l'ultima versione, puoi usare
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
che è più pulito del vecchio.
