JPA che genera chiavi duplicate

Dovresti usare GenerationType.IDENTITY per generare pdfid utilizzando l'incremento automatico invece di GenerationType.AUTO per FileDetail entità.

@Entity
public class FileDetail implements java.io.Serializable{
    @Id
    @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY)
    private Long pdfId;
}

GenerazioneType.IDENTITY