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Entità associative DB e indicizzazione

Indici sulle colonne pk di riferimento nelle altre tabelle non coprirlo.

Definendo le due colonne fk come chiave primaria composita della tabella "entità associativa" (come dovresti nella maggior parte dei casi, a condizione che le associazioni siano univoche), crei implicitamente un indice a più colonne.

Ciò copre tutte le query che coinvolgono entrambe o le prime colonne in modo ottimale.
Copre anche le query sulla seconda colonna , ma in modo meno efficace.
Se hai query importanti che coinvolgono solo la seconda colonna, crea un indice aggiuntivo anche su quella.

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Oppure questa domanda su SO , trattando anche questo argomento.