flask-migrate non può eliminare la tabella perché altri oggetti dipendono da essa

Flask-Migrate non legge nel database per vedere le dipendenze tra gli oggetti. Puoi ottenere una migrazione riuscita riordinando drop_table nel tuo file di migrazione.

Quello che puoi fare è modificare il file di migrazione in questo modo:

op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")

E quindi esegui il comando di aggiornamento. Normalmente ordinare il drop in questo ordine dovrebbe risolvere il problema.