Un indice su una tabella delle dimensioni che hai menzionato dovrebbe generalmente essere in grado di essere eliminato abbastanza rapidamente (e sicuramente più rapidamente di 3+ minuti). Mi sembra che la tabella/l'indice fosse in uso e quindi non potesse essere eliminata.
Puoi confermarlo interrogando pg_stat_activity
tabella e cercando attività che coinvolgono la tabella su cui hai creato l'indice.