Ho cercato sul Web una soluzione ma non ne ho trovata nessuna, quindi ecco cosa abbiamo trovato (potrebbero esserci modi migliori, ma almeno questo è un inizio se qualcun altro si imbatte in questo).
Specificare il dtype parametro in to_sql .
Siamo passati da:df.to_sql(table_name, analytics_db) a df.to_sql(table_name, analytics_db, dtype={'name_of_json_column_in_source_table': sqlalchemy.types.JSON}) e funziona.