PostgreSQL
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Postgres manca l'errore di immissione della clausola FROM nella query con la clausola WITH

Dal bel manuale:

Esistono due modi per modificare una tabella utilizzando le informazioni contenute in altre tabelle nel database:utilizzando le sottoselezioni o specificando tabelle aggiuntive nel FROM clausola.

Quindi hai solo bisogno di una clausola FROM:

WITH stops AS (
    -- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
  AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;

Il messaggio di errore dice anche quanto:

ERRORE:manca la voce della clausola FROM per la tabella "arresta"