Alla fine sono riuscito a risolverlo. Il problema non è correlato a HikariCP. Il problema persiste a causa di alcuni metodi complessi nei controller REST che eseguono più modifiche nel DB tramite i repository JPA. Per alcuni motivi, le chiamate a queste interfacce hanno comportato un numero crescente di connessioni attive "congelate", esaurendo il pool. O annotando questi metodi come @Transactional o racchiudere tutta la logica in un'unica chiamata al metodo del servizio transazionale sembra risolvere il problema.
