Rileva elementi duplicati in CTE ricorsivo

La parola dep nella seconda query (dopo union ) è ambiguo. Infatti viene interpretata come la colonna di rdeps , non come alias di objectdependencies.

with recursive rdeps as (
  select dep
  from objectdependencies dep
  where dep.dependson = 4 -- starting point
  union all
  select dep -- this means r.dep
  from objectdependencies dep
  join rdeps r
    on (r.dep).id = dep.dependson
) select (dep).id from rdeps;

Questo è il motivo per cui la query crea un ciclo infinito. Puoi correggerlo cambiando l'alias:

with recursive rdeps as (
  select dep
  from objectdependencies dep
  where dep.dependson = 4 -- starting point
  union all
  select objectdep
  from objectdependencies objectdep
  join rdeps r
    on (r.dep).id = objectdep.dependson
) select (dep).id from rdeps;

 id 
----
  1
  2
  3
  1
  2
  1
(6 rows)    

O meglio, semplicemente usando le colonne, come voleva il buon Dio:

with recursive rdeps as (
    select id, dependson
    from objectdependencies
    where dependson = 4
union all
    select d.id, d.dependson
    from objectdependencies d
    join rdeps r
    on r.id = d.dependson
) 
select *
from rdeps;

La prima query nella domanda è tutto ciò che puoi fare in semplice sql poiché non c'è comunicazione tra diversi rami (paralleli) generati da una query ricorsiva. In un approccio funzionale è possibile utilizzare una tabella temporanea come negozio comune a tutte le filiali. La funzione potrebbe assomigliare a questa:

create or replace function rec_function(int)
returns void language plpgsql as $$
declare
    i int;
begin
    for i in
        select id
        from objectdependencies
        where dependson = $1
    loop
        if not exists(
            select from temp_table 
            where id = i)
        then
            insert into temp_table values(i);
            perform rec_function(i);
        end if;
    end loop;
end $$;

Utilizzo:

create temp table temp_table(id int);

select rec_function(4);

select *
from temp_table;