Le query di lunga durata sono un segno di cattiva progettazione. È meglio esaminare le query in questione e come potrebbero essere ottimizzate. Questo significherebbe semplicemente ignorare il problema.
Se lo desideri ancora, puoi utilizzare il comando SHOW PROCESSESLIST per ottenere tutti i processi in esecuzione. E poi usa KILL x per terminare una connessione client. Ma affinché funzioni, devi verificarlo da un altro script PHP poiché il multithreading non è ancora possibile. Inoltre, non è consigliabile concedere agli utenti utilizzati dalle sovvenzioni PHP di modificare le impostazioni del server.