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L'esecuzione di mysqldump da uno script PHP non funziona ma funziona su SSH

Un'ipotesi plausibile

Se posso fare un'ipotesi plausibile è perché l'utente che esegue lo script php (cioè l'utente viene eseguito httpd) non ha il permesso di scrivere su /var/www/vhosts/mydomain.com/httpdocs/tools/ .

Anche se l'utente che stai utilizzando per eseguire il comando ha.

STDERR e STDOUT

Per vedere se c'è qualcosa stampato su STDERR che è rilevante per il problema, usa lo snippet qui sotto!

$tubes = array(
  0 => array("pipe", "r"),
  // print contents on STDOUT to file
  1 => array("file", "/var/www/vhosts/mydomain.com/httpdocs/tools/dbbackup-2011-12-17.sql", "w"),
  2 => array("pipe", "w")
);

$p_handle = proc_open (
  "/usr/bin/mysqldump --opt --host=localhost --user=\"myuser\" --password=\"mypass\" db_name",
  $tubes, $pipes
);

if (is_resource ($p_handle)) {
    fclose ($pipes[0]);

    $stderr_data = stream_get_contents ($pipes[2]); fclose($pipes[2]);

    $proc_ret    = proc_close ($p_handle);

    echo "--------- STDERR:\n$stderr_data\n";
    echo "------------ RET: $proc_ret\n";
} else {
  die ("Unable to execute external resource, aborting!");
}

Controlla i file di registro!

Hai controllato il error_log associato al tuo httpd ?