1. Non utilizzare file() a meno che tu non voglia davvero i dati riga per riga. file_get_contents() è meglio.
2. $query==file($file_name); Non credo tu voglia fare un confronto qui.
3. mysql_query eseguirà sempre e solo una singola query alla volta. Dovrai trovare un modo per separare le tue query nel file ed eseguirle una per una.