Se hai convertito le tue mappature in annotazioni da xml/yml assicurati di eliminare i vecchi file di mappature.
In questo esempio in esecuzione:php app/console doctrine:mapping:convert annotation
per convertire:AppBundle\Resources\config\doctrine\MyEntity.doctrine.xml
in annotazioni in linea con questo file:AppBundle\Entity\MyEntity.php
viene generato un errore perché utilizza le mappature xml prima di utilizzare le annotazioni. Elimina l'xml e dovrebbe andare bene.