Oracle ha un limite di 1000, che ho già raggiunto. A MySQL non sembra importare. La soluzione migliore è tuttavia non utilizzare una clausola IN per un set di dati così grande. Da dove vengono gli ID? Se dallo stesso DB, verifica se puoi utilizzare una sottoquery invece che ricerca in base a un parametro, ad es. userid per trovare gli ID collegati. Questo sarà molto più efficiente in quanto MySQL può eseguire un join internamente utilizzando gli indici.
