mysql-server (di qualunque versione) dipende da altri pacchetti (nel tuo caso mysql-community-libs mysql-community-server)
Quando viene installato in primo luogo con la vecchia versione, questa roba viene installata. Quando si "disinstalla" mysql-server queste dipendenze NON vengono rimosse.
Quando si tenta di installare la nuova versione, questi pacchetti ancora esistenti entreranno in conflitto con il nuovo pacchetto. Non importa se i file effettivi nel pacchetto sono presenti, è il pacchetto e l'elenco di cosa aspettarsi che è in conflitto.
Per risolvere il tuo problema, scopri quali erano le dipendenze di mysql-server e disinstallale prima di tentare l'installazione.
Questa risposta https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package potrebbe essere interessante per capire da cosa dipende mysql-server
