il client 'mysql' ignorerà totalmente il parametro -P, se rileva che mysql è in esecuzione su un socket unix. Quindi davvero, anche se chiedi la porta sphinxQL, ti stai connettendo a mysql
Usa
mysql -P9306 --protocol=tcp
per dire al client di ignorare il socket.
Suggerimento per professionisti:
mysql -P9306 --protocol=tcp --prompt='sphinxQL> '
che funge da utile promemoria in corso che sei connesso a sphinx non a mysql :)