Se il tuo file è in realtà un file CSV con campi separati da virgole, devi specificare il separatore di campo.
LOAD DATA INFILE '$file' INTO TABLE $tbl_name FIELDS TERMINATED BY ','
Se non specifichi il separatore di campo, mysql considera il separatore di campo come tab (\t).
Nel caso in cui il file venga creato con ritorno a capo, le applicazioni mostruose di Windows lo fanno, devi anche aggiungere alla fine dell'istruzione:
LINES TERMINATED BY '\r\n'