Non è la quantità che conta. Ciò che conta è quanto bene hai progettato la struttura del tuo database e la query.
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Assicurati di avere un indice sulle colonne che verranno utilizzate nelle tue query where
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Inserisci il tuo
WHERE
istruzioni nell'ordine che corrisponderà per prime alle righe minime e procederà in questo modo.
Ecco la Guida all'ottimizzazione della clausola WHERE di MySQL per ulteriori suggerimenti