In Php c'è una funzione chiamata nl2br
echo nl2br("hello\nWorld");
e il risultato è
hello<br/>World
In sql c'è una funzione chiamata REPLACE
UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')
E infine in javaScript hai replace
anche
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");
Buona fortuna