Mysql
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Sostituisci la linea di interruzione con '\n'

In Php c'è una funzione chiamata nl2br

 echo nl2br("hello\nWorld");

e il risultato è

 hello<br/>World

In sql c'è una funzione chiamata REPLACE

   UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')

E infine in javaScript hai replace anche

myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");

Buona fortuna